Сигнатуры экспрессии генов указывают на потерю функции главными регуляторами генома.

Уступая только печально известному гену TP53, гены комплексов, известных как белковые комплексы mSWI/SNF, являются наиболее часто мутирующими объектами в раковых клетках. Комплексы, состоящие из 10–15 субъединиц, построены на основе активности 29 отдельных генов.

Комплексы играют ключевую роль в модификации хроматина — поворотов ДНК и белков, составляющих хромосомы, — так что гены становятся более или менее активными, включаются или выключаются. Мутированные формы генов, ответственных за комплексы mSWI/SNF, обнаруживаются более чем в 20% случаев рака человека . В некоторых случаях рак вызывается отсутствием или изменением одной или нескольких субъединиц комплекса.

В новом исследовании, опубликованном в Molecular Cell , ученые из Института рака Дана-Фарбер и Института Брода Массачусетского технологического института и Гарварда, в том числе Сигалл Кадок, член института Броуда и доцент Дана-Фарбер, использовали технологию CRISPR-Cas9 для систематического подавляют примерно 29 генов , связанных с комплексами mSWI/SNF, по отдельности и в информативных комбинациях в контексте раковой клетки. Они отслеживали, как каждое отключение влияло на структуру и состав комплексов.

Затем исследователи использовали данные, чтобы предсказать и идентифицировать тысячи профилей экспрессии генов рака человека, какие опухоли содержат мутацию, которая приводит к потере функции mSWI/SNF, или какие опухоли имеют паттерны экспрессии генов, которые отражают мутации mSWI/SNF. Полученные данные могут помочь врачам определить, играют ли изменения в этом комплексе важную роль в раке пациента. Зная эти сигнатуры, исследователи стремятся лучше предсказать, какие опухоли, вероятно, будут реагировать на растущий набор лекарственных средств, нацеленных на комплексы mSWI/SNF у пациентов с раком.