Большая группа ученых-медиков, связанных с множеством учреждений в Нигерии и США, обнаружила, что можно использовать метагеномику для идентификации множества вирусов в реальных образцах плазмы. В своей статье, опубликованной в журнале Nature Communications , группа описывает, как они использовали метод генетического секвенирования для выявления вирусных инфекций у большого числа людей, живущих в Нигерии.

Метагеномика используется для изучения генетического материала , извлеченного непосредственно из экологических или клинических образцов . Генетическое секвенирование позволяет больше узнать об источнике живого материала в образцах. Его использование получило широкую известность во время глобальной пандемии как средство быстрого наблюдения за патогеном.

Было обнаружено, что такой подход дает медицинскому персоналу гораздо более быстрые результаты, чем традиционные методы микробиологии. В этой новой работе исследователи проверили эффективность использования метагеномики для выявления различных патогенов в образцах плазмы, взятых у реальных пациентов.

В своей работе команда получила образцы крови от 593 человек, живущих в Нигерии, у всех из которых были симптомы заболевания: у некоторых была диагностирована лихорадка Ласса (геморрагическая болезнь, вызванная вирусом Ласса), у других, как предполагалось, проявлялись инфекционной этиологии и другая группа были явно больны, но им еще ничего не диагностировали.

При проведении метагеномного тестирования всех образцов исследовательская группа обнаружила, что им удалось идентифицировать 13 вирусов, в том числе очень редкий, который, как считается, вызывает дицистровирус. Они назвали его ассоциированным с кровью дицистровирусом человека 2 (hbad2). Команда также обнаружила, что пегивирус C был распространен среди людей, которые также были инфицированы лихорадкой Ласса, и что его присутствие в таких образцах, как правило, сопровождалось меньшей вирусной нагрузкой. Исследователи также обнаружили, что некоторые образцы содержали вирус, вызывающий желтую лихорадку , а другие — оспа.

Исследовательская группа отметила, что использование метагеномики, а не традиционного микробного подхода, также позволило им исключить определенные вирусные инфекции у некоторых людей, предоставивших образцы плазмы — было обнаружено, что некоторые из них страдают от отравления пестицидами, а не от вирусной инфекции. . В заключение они предполагают, что их исследование показывает силу и эффективность метагеномики и то, как она, вероятно, будет использоваться для предотвращения будущих пандемий.