Группа клинических исследований из Университета Гонконга (HKUMed) использовала клетки амниотической жидкости, полученные в течение 16-24 недель беременности, в качестве нового типа образца для секвенирования РНК в пренатальной диагностике, чтобы помочь большему количеству семей с индивидуальным клиническим ведением. Это первое экспериментальное исследование, демонстрирующее потенциальную клиническую пользу секвенирования РНК клеток амниотической жидкости. Результаты были опубликованы в журнале npj Genomic Medicine .
Редкие заболевания обычно имеют генетическое происхождение. Согласно предыдущему исследованию группы, несмотря на то, что по отдельности они редки, в совокупности редкое заболевание встречается у 1 из 67 жителей Гонконга. Выявление генетической причины при редких заболеваниях может дать точные рекомендации для лучшего клинического ведения и планирования беременности в будущем, что необходимо для поддержки пациентов. Современные технологии пренатальной диагностики в значительной степени основаны на ДНК, при этом большая часть (60-70%) остается недиагностированной, что приводит к клинической неопределенности и беспокойству родителей.
Недавно было обнаружено, что секвенирование РНК увеличивает диагностическую ценность на 10-36%; однако ни одно из этих исследований не было посвящено пренатальной диагностике. Кроме того, несмотря на наличие хорошо зарекомендовавшей себя большой базы данных, каталогизирующей профиль экспрессии генов в различных тканях для взрослых, аналогичный общедоступный набор данных для клеток амниотической жидкости, отражающий эмбриологическую и фетальную стадии, отсутствует. Таким образом, необходимы дальнейшие исследования и исследования по секвенированию РНК в пренатальных условиях.
Исследовательская группа продемонстрировала потенциальную клиническую пользу секвенирования РНК клеток амниотической жидкости. Базовый уровень профиля экспрессии генов в клетках амниотической жидкости был установлен путем секвенирования РНК более чем 50 образцов амниотической жидкости. Установление профиля экспрессии генов было важным шагом в применении секвенирования РНК к текущему выбранному рабочему процессу клинической диагностики.
Исследователи обнаружили, что количество хорошо экспрессируемых генов в клетках амниотической жидкости сопоставимо с другими клинически доступными тканями, обычно используемыми для генетической диагностики различных категорий заболеваний. Исследовательская группа также сравнила данные секвенирования РНК четырех пораженных плодов со структурными врожденными аномалиями с установленным исходным уровнем для выявления потенциальных выбросов.
В сотрудничестве с Мюнхенским техническим университетом в Германии был адаптирован биоинформатический конвейер для улучшения обнаружения выбросов для последующего анализа. Дальнейшее углубленное изучение показало, что выбросы могут быть идентифицированы в генах, связанных с соответствующими структурными врожденными аномалиями у всех четырех пораженных плодов. Выявление выбросов обеспечивает больше доказательств на уровне РНК, чтобы помочь в диагностике.
Результаты этого исследования имеют большое значение для решения недиагностированных редких заболеваний в Гонконге. Впервые в литературе сообщается, что секвенирование РНК клеток амниотической жидкости обеспечивает потенциальную клиническую пользу в пренатальной диагностике. С идентификацией генетической причины возможна точная медицина, такая как индивидуальное клиническое ведение и преимплантационная генетическая диагностика для семей с семейным анамнезом.
