В геномах рака человека обнаружены множественные повторяющиеся экспансии

Прочитано: 53 раз(а)


Группа исследователей из США и Канады обнаружила доказательства многократно повторяющихся, повторяющихся экспансий в геномах рака человека. В своей статье, опубликованной в журнале Nature , группа описывает поиск повторных расширений опухолей человека в банках данных, поддерживаемых Международным консорциумом генома рака и группой Атлас генома рака.

Как отмечают исследователи, известно, что тандемные повторы (TR) в последовательностях ДНК участвуют в более чем 50 наследственных заболеваниях. И, как они также отмечают, большинство исследований, изучающих влияние данного TR, ограничиваются нейродегенеративными или неврологическими заболеваниями, не связанными с раком.

Тем не менее, некоторые предшествующие исследования показали, что известно, что некоторые мутации происходят в последовательностях TR короткого тракта, что связано с микросателлитной нестабильностью . В этой новой работе исследователи более внимательно изучили ассоциации между последовательностями TR в раковых опухолях .

Работа началась с поиска в наборах данных Международного консорциума генома рака и Атласа генома рака в поисках расширений соматических повторов в опухолевой ДНК для более чем двух десятков типов рака. Исследователи обнаружили 160 повторяющихся экспансий повторов (rRE). Они отметили, что все, кроме пяти, из обнаруженных, вероятно, были специфическими подтипами рака, которые часто появляются при нескольких типах распространенных видов рака, таких как рак яичников, почек и легких.

Исследователи также провели полногеномное длинное и короткое секвенирование двух типов линий раковых клеток, которые они обнаружили в ходе первоначального поиска, — они изучили оба с помощью Expansion Hunter Denovo (EHdn) для измерения длины TR. Это показало, что примерно 72% повторных экспансий в опухолевой ткани приходится на длинные последовательности чтения.

Исследователи также отметили, что предыдущие исследования с молекулой, известной как Syn-TEF1, снижали TR при некоторых неврологических заболеваниях, что побудило их проверить ее использование при нескольких типах рака . Это привело к снижению пролиферации клеток . Они предполагают, что это открытие указывает на то, что другие молекулы или методы лечения, изначально предназначенные для лечения неврологических заболеваний с ассоциациями TR, могут также помочь в лечении некоторых видов рака.

В геномах рака человека обнаружены множественные повторяющиеся экспансии



Новости партнеров