Ученые LMU разработали метод более эффективного измерения активности генов и, таким образом, лучшего понимания биологических процессов.
Все клетки имеют одни и те же гены, но для их различных функций важно, какие гены активны, когда, где и в какой степени. Активные гены копируются в клетке в молекулу информационной РНК (мРНК), которая действует как руководство по конструированию соответствующего белка. Следовательно, какие из примерно 20 000 генов человеческой клетки в каком количестве присутствуют в виде мРНК, очень информативно с точки зрения понимания биологических процессов.
В течение нескольких лет стало возможным получить хорошее измерение всего спектра мРНК — транскриптома — с помощью высокопроизводительного секвенирования, которое включает секвенирование копий мРНК образца и их подсчет для каждого гена. Эта «РНК-последовательность» стала одним из ключевых инструментов молекулярной биологии. «Эффективная секвенирование РНК определяет, сколько образцов я могу проанализировать и, следовательно, сколько биологической информации я могу получить с заданным бюджетом», — говорит биолог LMU Вольфганг Энард, который вместе со своей командой разработал, пожалуй, самый эффективный метод секвенирования РНК в настоящее время. доступный.
Исследователи назвали свой метод prime-seq и уже успешно применили его более чем в 30 различных публикациях внутри и за пределами LMU. В своей последней статье в журнале Genome Biology они показали, что Prime-seq измеряет транскриптом так же хорошо, как и другие протоколы RNA-seq, будучи в 50 раз более экономичным.
Метод может быть реализован в любой лаборатории молекулярной биологии без необходимости использования дорогостоящего оборудования. Его эффективность основана прежде всего на интеграции штрих-кодов ДНК и прямом извлечении мРНК из клеток. «Надежные, проверенные и экономичные методы становятся все более важными в растущем исследовательском ландшафте. И мы надеемся, что наш метод также внесет вклад в большую открытость и воспроизводимость в науке», — говорит Лукас Ванге, один из ведущих авторов исследования.
