В прошлом году патологоанатом Джеффри Сорелле, доктор медицинских наук, и его коллеги разработали CoVarScan, экспресс-тест на COVID-19, который обнаруживает сигнатуры восьми горячих точек на вирусе SARS-CoV-2. Теперь, после тестирования CoVarScan на более чем 4000 образцах пациентов, собранных в UT Southwestern, команда сообщает в журнале Clinical Chemistry , что их тест так же точен, как и другие методы, используемые для диагностики COVID-19, и может успешно дифференцировать все текущие варианты SARS-CoV. 2.
«Используя этот тест, мы можем очень быстро определить, какие варианты существуют в сообществе и появляется ли новый вариант », — сказал доктор СоРелле, доцент кафедры патологии и старший автор исследования. «Это также имеет значение для отдельных пациентов, когда мы имеем дело с вариантами, которые по-разному реагируют на лечение».
Результаты тестирования в Центре геномики человека «Однажды в сказке» Юго-Западного университета помогли лидерам общественного здравоохранения отслеживать распространение COVID-19 в Северном Техасе и принимать политические решения на основе распространенности вариантов. Врачи также использовали результаты для выбора моноклональных антител , которые более эффективны против определенных штаммов, заражающих тяжелобольных пациентов с COVID-19.
Хотя существует ряд других тестов на COVID-19, они обычно обнаруживают либо фрагмент генетического материала SARS-CoV-2, либо небольшие молекулы, обнаруженные на поверхности вируса, и не предоставляют информацию для идентификации варианта. Кроме того, многие исследователи обеспокоены тем, что эти тесты не точны при обнаружении некоторых вариантов или могут пропустить будущие штаммы. Чтобы определить, какой вариант COVID-19 есть у пациента, ученые, как правило, должны использовать секвенирование всего генома , что требует много времени и денег, полагаясь на сложное оборудование и анализ для определения всей последовательности РНК, содержащейся в вирусах.
В начале 2021 года доктор СоРелле и его коллеги из UT Southwestern хотели отследить, насколько хорошо текущие тесты выявляют новые варианты SARS-CoV-2. Но они поняли, что секвенирование большого количества образцов не будет своевременным или экономически эффективным, поэтому они разработали свой собственный тест, работая в Ядре секвенирования нового поколения Центра Макдермотта, входящем в Центр роста и развития человека Юджина Макдермотта под руководством Хелен Хоббс. , доктор медицинских наук, профессор внутренних болезней и молекулярной генетики.
CoVarScan оттачивает восемь областей SARS-CoV-2, которые обычно различаются между вариантами вируса. Он выявляет небольшие мутации, когда последовательность строительных блоков РНК различается, и измеряет длину повторяющихся генетических областей, которые имеют тенденцию увеличиваться и уменьшаться по мере развития вируса. Метод основан на полимеразной цепной реакции (ПЦР) — методе, распространенном в большинстве лабораторий патологии, — для копирования и измерения РНК в этих восьми представляющих интерес участках.
Чтобы проверить, насколько хорошо работает CoVarScan, команда доктора СоРелла провела тест на более чем 4000 положительных на COVID-19 образцов мазков из носа, собранных в Юго-Западном университете штата Техас с апреля 2021 года по февраль 2022 года — от пациентов как с симптомами, так и без них. Тесты были подтверждены золотым стандартом секвенирования всего генома, и врачи использовали результаты для выбора лечения некоторых пациентов с COVID-19 в критическом состоянии.
По сравнению с секвенированием всего генома CoVarScan имеет чувствительность 96% и специфичность 99%. Он идентифицировал и дифференцировал варианты COVID-19 Delta, Mu, Lambda и Omicron, включая версию Omicron BA.2, когда-то известную как «невидимый Omicron», поскольку она не обнаруживалась в некоторых тестах, предназначенных для обнаружения только штамма Omicron.
«Общая критика этого типа тестов заключается в том, что они требуют постоянной корректировки для новых вариантов, но CoVarScan не нуждался в корректировке более года; он по-прежнему работает очень хорошо», — сказал доктор СоРелле. «В будущем, если бы нам нужно было настроить его, мы могли бы легко добавить к тесту 20 или 30 дополнительных точек доступа».
Доктор СоРелле планирует продолжить разработку CoVarScan в качестве коммерческого теста и на основе этой работы ожидает рассмотрения патентной заявки. Как изобретатель ПЦР-теста для генотипирования вариантов, д-р СоРелле имеет право на получение дохода от его использования.
