Новое исследование показало, что ПЦР-анализы Novaplex SARS-CoV-2 Variant I, II и IV в реальном времени (от Seegene Technology) могут надежно обнаруживать SARS-CoV-2 в образцах пациентов и идентифицировать известные варианты, представляющие интерес и опасения. Результаты анализов ПЦР были сопоставимы с результатами метода секвенирования по Сэнгеру «золотого стандарта» шиповидного гена. Исследователи также смогли успешно упростить тестирование и сократить затраты и время обработки за счет обработки образцов без выделения РНК для тестирования. Их выводы опубликованы в The Journal of Molecular Diagnostics .

«Методология ПЦР в реальном времени (ОТ-ПЦР) для обнаружения вариантов доступна, быстра, проще и точна по сравнению с традиционным секвенированием», — сказал ведущий исследователь Пинг Рен, доктор философии, отделение патологии Медицинского отделения Техасского университета. Галвестон, Техас, США. «Сочетание метода обработки без экстракции с технологией RT-PCR может помочь лабораториям, не имеющим возможности секвенирования, отслеживать циркулирующие варианты и исследовать влияние вариантов на эффективность лечения и тяжесть заболевания».

Тесты I, II и IV предназначены для выявления генетических мутаций , связанных с вариантами SARS-CoV-2 альфа, бета, дельта и эпсилон. На момент исследования вариант Омикрон еще не появился. РНК экстрагировали из каждого образца для тестирования с помощью анализов Novaplex RT-PCR и секвенирования по Сэнгеру. Образцы также были протестированы непосредственно без выделения РНК с помощью анализов Novaplex.

Из 156 образцов, обработанных экстракцией РНК, анализы ОТ-ПЦР выявили 109 вариантов. Результаты на 100% соответствовали тесту секвенирования Сэнгера. Чувствительность метода без выделения РНК была на 91,7% ниже, чем у традиционного метода выделения РНК. В образцах с более низкой вирусной нагрузкой анализы ОТ-ПЦР без экстракции не выявили некоторых мутаций, предположительно из-за более низких концентраций нуклеиновых кислот в исходных образцах.

«Основным ограничивающим фактором для молекулярных анализов SARS-CoV-2 является нехватка реагентов для выделения РНК», — объяснила соавтор Мариса С. Нильсен, доктор философии, отделение патологии, Медицинское отделение Техасского университета, Галвестон. Техас, США. «Традиционная экстракция остается трудоемким аспектом молекулярной диагностики SARS-CoV-2. Недавнее руководство CDC рекомендует секвенирование только для случаев со значением порога цикла (Ct) ниже 28, что указывает на более высокую вирусную нагрузку, поскольку секвенирование менее надежен в образцах с более низкой вирусной нагрузкой».

«Хотя при использовании метода без экстракции наблюдалась более низкая чувствительность, он по-прежнему представляет собой жизнеспособную альтернативу», — добавил д-р Нильсен. «Спайковое секвенирование по-прежнему необходимо для обнаружения новых вариантов».

Анализы RT-PCR могут быть адаптированы для включения дополнительных репрезентативных генов по мере появления различных вариантов и обеспечивают более доступное обнаружение вариантов и мониторинг для информирования общественного здравоохранения и принятия решений о лечении. Хотя это и не включено в это исследование, теперь доступны анализы для выявления мутаций, специфичных для Omicron.

«Определение варианта SARS-CoV-2 в образцах отдельных пациентов может помочь в выборе лечения, поскольку некоторые варианты более устойчивы к текущим схемам лечения», — отмечает доктор Рен. «Однако потенциальное воздействие распространяется не только на отдельных пациентов, но и на сферу общественного здравоохранения. Важно отслеживать распространение варианта в рамках наблюдения за общественным здравоохранением из-за зависимости от варианта передачи, тяжести заболевания и решений о лечении».