Группа исследователей из Университетского колледжа Лондона, Колумбийского университета и Оксфордского университета разработала новый подход к проведению транскриптомики и использовала его для выявления свойств 35 подтипов нейронов у мышей. Группа опубликовала свое исследование в журнале Nature. Хункуй Цзэн и Саския Э. Дж. де Врис из Института наук о мозге Аллена опубликовали статью «Новости и мнения» в том же номере журнала, в которой рассказывается о работе, проделанной командой.

Одна из целей ученых-биологов — узнать, как работает мозг у других животных и у людей. Учитывая сложность мозга, цель, безусловно, амбициозна. Но ученые считают, что это можно сделать, проводя множество пошаговых исследований, которые пытаются объяснить различные части данного мозга, чтобы описать, что они делают. Часть этих усилий включает создание каталога типов и подтипов клеток головного мозга.

Один из аспектов классификации типов клеток включает в себя расшифровку и запись репертуара экспрессируемых генов — процесс, называемый транскриптомикой. Из этого следует идентификация ролей, которые каждый из отдельных генов играет в схемах мозга . С этой целью исследователи использовали различные методы для проведения транскриптомики (которая должна проводиться на живых тканях), чтобы больше узнать об областях мозга, таких как зрительная кора мыши . На сегодняшний день выявлено 95 групп.

В этой новой работе исследователи разработали новый способ проведения такой работы — они назвали его «coppaFISH», и он способен определять экспрессию 72 генов одновременно на тонком срезе мозговой ткани. Он включает в себя сочетание двухфотонной визуализации кальция in vivo с традиционными транскриптомными методами. Полученные профили экспрессии генов можно затем использовать для сопоставления транскриптомов с клеточными идентичностями.

Исследователи использовали эту технику для получения новых данных для 1090 интернейронов , включающих 35 подтипов нейронов. При этом они обнаружили, что определенные транскриптомные принципы могут быть использованы для предсказания активности других типов клеток, что приводит к транскриптомной оси, которая коррелирует с некоторыми типами свойств клеток. Исследователи предполагают, что их метод можно использовать и в других областях мозга.